Als Franz zum FC Bayern wechselte, spielte dieser noch in der Regionalliga Süd. Er brauchte einen Nebenjob, um das geringe Gehalt auszugleichen. 1965 schaffte es die Mannschaft dann engültig in die Bundesliga.
Franz, dank seines Talents sofort Stammspieler, war als Allrounder auf mehreren Positionen einsetzbar. Cajkovski war hochzufrieden, mit einer Ausnahme: Franz war zu schmächtig. Daher verordnete er Krafttraining und größere Portionen. Franz’ Mutter Antonie servierte ihm zudem vor jedem Spiel ein Schnitzel. Eine Tradition, die er seine ganze Karriere beibehielt.
Mit 16 Treffern spielte sich Beckenbauer in die Herzen der Fans. Zwar trafen Gerd Müller und Rainer Ohlhauser noch häufiger, doch Franz bewies seine Qualitäten auch in der Abwehr als Stopper. Am Ende wurde der FC Bayern mit drei Punkten Vorsprung Meister der Regionalliga Süd.
In der Aufstiegsrunde zeigte die Mannschaft Selbstvertrauen und schaffte mit vier Siegen den Sprung in die Bundesliga. Am Flughafen Riem jubelten ihnen 6.000 Fans zu. Für Franz stand fest: Fußball würde sein einziger Beruf sein. Er gab seine Nebenjobs auf und sogar sein bislang skeptischer Vater war überzeugt.
Am 14. August 1965 folgte das erste Bundesligaspiel: ein Stadtderby gegen die „Löwen“ vom TSV 1860 im Grünwalder Stadion. Trotz Niederlage begeisterte der FC Bayern mit offensivem Spiel. Am Saisonende belegten sie den dritten Tabellenplatz, nur drei Punkte hinter dem Meister.
Dafür feierten die Bayern im DFB-Pokal den Triumph: Am 4. Juni besiegten sie im Finale den Meidericher SV. Die Siegesfeier auf dem Münchner Marienplatz, in festlich geschmückten Cabriolets, wurde zum unvergesslichen Moment.
Nur ein Jahr nach dem Aufstieg wurde Franz zum „Fußballer des Jahres“ gewählt. Es war klar: Er war nicht nur ein exzellenter Spieler, er hatte das Potenzial zum Superstar.