Nach seiner Zeit als Trainer übernahm Franz Beckenbauer Verantwortung in den Vereinsgremien: Als Funktionär beim FC Bayern und im deutschen Fußball prägte er entscheidende Weichenstellungen und wurde zum Repräsentanten von Weltrang.
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Nach seiner Trainerzeit trat Franz in die Schaltzentralen des Fußballs ein und prägte dort eine neue Ära.
Beim FC Bayern wurde er Ende 1991 zum Vizepräsidenten gewählt, ab 1994 führte er den Klub als Präsident bis 2009. Parallel war er nach der Ausgliederung des Profibereichs 2002–2009 Aufsichtsratsvorsitzender der FC Bayern München AG und wurde später zum Ehrenpräsidenten ernannt. Unter seiner Präsidentschaft wuchs Bayern sportlich wie wirtschaftlich zur globalen Marke, krönte die 1990er/2000er mit Titeln.
Ein Schlüsselprojekt seiner Amtszeit war das neue Stadion: Franz war einer der zentralen Antreiber für die Allianz Arena. Beim Bürgerentscheid am 21. Oktober 2001 votierten Münchens Bürger klar für den Bau in Fröttmaning. Damit war der Weg frei für ein Stadion, das den FC Bayern dauerhaft veränderte. Heute erinnert sogar die Arena-Adresse „Franz-Beckenbauer-Platz 5“ an den Kaiser und seine Rückennummer.  
Über München hinaus prägte Franz den deutschen Fußball als Vizepräsident des DFB (1998–2010), als Mitglied des FIFA-Exekutivkomitees (2007–2011) und vor allem als Präsident des Organisationskomitees der FIFA-WM 2006. Zunächst Frontmann der erfolgreichen Bewerbung, führte er das Turnier anschließend organisatorisch. Eine Mammutaufgabe zwischen Sicherheit, Infrastruktur, Vermarktung und Gastgebertum, die der Kaiser wie gewohnt mit Leichtigkeit bewältigte. Er war das Gesicht der WM und verkörperte das neue Deutschland in der ganzen Welt.
In all seinen Rollen verband Franz Repräsentation mit Pragmatismus. Er öffnete Türen bei Politik, Verbänden und Sponsoren, moderierte Konflikte und traf Weichenstellungen, die den FC Bayern und den DFB in die Zukunft führten.
