Der erste offizielle Verein von Franz Beckenbauer war München 06, bei dem er vier Jahre spielte. Als der Klub in Schwierigkeiten geriet, war Franz gezwungen, sich nach einer neuen Mannschaft umzusehen. Zur Wahl standen die beliebten „Löwen“ des TSV 1860 oder der damals noch kleine, wenig erfolgreiche FC Bayern.
Erst 52 Jahre später kam es zum Wiedersehen der beiden Spieler. Lange blieb unklar, wer derjenige war, der Beckenbauer mit dieser Szene zum FC Bayern gebracht hatte. Weil er Aggressionen durch wütende Fans fürchtete, blieb er zunächst verdeckt. 2010 trafen sich Gerhard König und der Kaiser in München und sprachen über den Vorfall von 1958: „Ich war Verteidiger, der Franz war Mittelstürmer. Da hat er mich ausgespielt.“ Als der Schiedsrichter nicht hinsah, verpasste er ihm eine Watschn.
Ab der Saison 1959/60 spielte Franz in der C-Jugend des FC Bayern München und wurde sofort zum Torjäger: 100 Treffer erzielte er in dieser Zeit. 1964 unterschrieb sein Vater, Franz galt mit 18 Jahren noch als minderjährig, einen Dreijahresvertrag beim FC Bayern: 140 DM Grundgehalt und Prämien von bis zu 400 DM im Monat. Bei einem Aufstieg in die Bundesliga wären sogar 1.200 DM möglich gewesen.
Franz balancierte zunächst zwischen seiner Ausbildung bei der Allianz und seiner aufstrebenden Fußballkarriere. Mit 90 Mark Lehrlingsgehalt begann er, später verdiente er in der Kfz-Abteilung 450 Mark im Monat. Doch sein Herz gehörte längst dem Fußball. Als die Aufstiegsspiele anstanden und die Allianz keinen Sonderurlaub genehmigen wollte, entschied er sich für den Sport und kündigte bei der Allianz.
Sein erstes Pflichtspieltor für die erste Mannschaft des FC Bayern erzielte er am 6. Juni 1964, dem ersten Spieltag der Aufstiegsrunde zur Bundesliga, gegen den FC St. Pauli. Franz spielte damals mit der Nummer 11 auf Linksaußen. Den Aufstieg in die Bundesliga verpasste die Mannschaft zunächst durch zwei Niederlagen in den folgenden Spielen gegen Borussia Neunkirchen und Tasmania Berlin. Dennoch etablierte sich Franz schnell als unverzichtbarer Stammspieler.
Während er auf dem Platz für Furore sorgte, musste er auch abseits des Rasens Hürden überwinden. Dass er mit 18 Jahren bereits Vater wurde, machte ihn für manche Funktionäre zur „Persona non grata“. Der damalige DFB-Jugendtrainer Dettmar Cramer wollte Beckenbauer in die Jugendnationalmannschaft holen, doch die moralischen Maßstäbe waren zu dieser Zeit deutlich strenger. Cramer jedoch war so überzeugt von Franz, dass er den Bundestrainer Sepp Herberger hinzuzog. Herberger gelang es, die Mitglieder des „pädagogischen Kreises“ des DFB zu überzeugen, Franz eine Chance zu geben.
Die Entscheidung erwies sich als goldrichtig. Franz debütierte als rechter Läufer im Stadion an der Haagener Straße, zeigte eine herausragende Leistung und erzielte beide Tore zum 2:1-Sieg.
