1980 schloss sich Franz Beckenbauer dem Hamburger SV an und gewann dort 1982 die Deutsche Meisterschaft. Ein weiteres Kapitel in seiner erfolgreichen Spielerkarriere.
In Hamburg trug er die Rückennummer 12 und spielte zunächst unter seinem früheren Bayern-Trainer Branko Zebec. In seinen 17 Einsätzen zeigte Franz zwar gute Leistungen, musste sich jedoch erst wieder ins Mannschaftsgefüge einfügen. Besonders in der Vorbereitung auf die Saison 1981/82 glänzte er dann unter dem neuen Trainer Ernst Happel mit starken Auftritten.
Im Verlauf der Saison machten sich jedoch zunehmend seine Verletzungsanfälligkeit und die Spuren der vergangenen Jahre bemerkbar, wohl auch eine Folge der vielen Spiele auf Kunstrasen in den USA und seines Alters. Franz erlitt unter anderem einen Adduktorenabriss, Sehnenreizungen, Prellungen, Zerrungen und schließlich sogar einen Nierenriss. Dennoch erreichte er mit der Mannschaft am Ende der Saison einen weiteren Titel: 1982 wurde der HSV Deutscher Meister.
Am 29. Mai 1982 bestritt Franz sein letztes Bundesligaspiel. Kurz darauf, am 1. Juni, fand sein Abschiedsspiel statt: Hamburger SV gegen die deutschen Nationalmannschaft. Symbolträchtig war, dass es in Hamburg ausgetragen wurde, jenem Ort, an dem er 1964 auch sein erstes Spiel für die Profimannschaft des FC Bayern absolviert hatte.
Die Einnahmen des Abschiedsspiels nutzte Franz, um die Franz-Beckenbauer-Stiftung zu gründen. Ihr Ziel war es, Menschen mit Behinderung sowie Personen, die krank oder unverschuldet in Not geraten sind, zu unterstützen. Bis heute wird die Stiftung von seiner Ehefrau Heidi Beckenbauer und seinem Sohn Joel Beckenbauer weitergeführt.