Als Libero revolutionierte Franz den Fußball: Er verteidigte nicht nur, sondern eröffnete das Spiel von hinten und wurde so zum prägenden Taktgeber seiner Zeit.
Auch das Mittelfeld gefiel ihm nicht: „Mittelfeld war mir nicht recht, damals gab es noch die Manndeckung. Das mochte ich nicht, dass mir einer 90 Minuten hinterherläuft und in die Haxen reinhaut.“ Für Franz war klar: Er brauchte eine Kombination aus Offensiv- und Defensivaufgaben.
Die Position des „Liberos“ gab es zwar schon vor Franz, jedoch nur in der klassischen Form eines freien Spielers, der hinter der Abwehr absicherte, wenn ein Stürmer entwischte. Doch ein Libero, der bei Ballbesitz ins Mittelfeld vorstieß und als Spielmacher agierte, war eine Erfindung von Franz.
Die Rolle funktionierte so: Ohne direkten Gegenspieler konnte er frei agieren – nach hinten, um Lücken zu schließen und gefährliche Situationen unter Kontrolle zu bringen, oder nach vorne, wenn der richtige Moment kam, um Angriffe einzuleiten. In der Defensive vermied er meist den direkten Zweikampf und übte stattdessen durch geschickte Raumbesetzung Druck aus. Besonders wichtig und eine große Stärke von Franz, war die Fähigkeit, akute Schwachstellen beim Gegner ebenso wie in der eigenen Mannschaft zu erkennen und sofort die richtige Entscheidung zu treffen. Nach Ballgewinnen konnte er sofort Tempo aufnehmen und seine Mitspieler mit präzisen Pässen versorgen.
Zur Position des Liberos gehörte immer auch ein Vorstopper, der seine Freiheiten absicherte. Diese Rolle übernahmen zunächst Werner Olk und später Katsche Schwarzenbeck.
Franz wollte schon immer auf dieser Position spielen, und ab der Saison 1966/67 hatte er endlich die Rückendeckung seines Trainers Tschik Cajkovski. Dieser sagte einmal: „Hab ich dieses Beckenbauer, hab ich Taktik.“ Von da an wurde Franz zum Herz der Mannschaft: Er organisierte die Defensive und initiierte zugleich die Angriffe. Die Achse Maier–Beckenbauer–Müller entwickelte sich zum Erfolgsrezept der Bayern.
In der zweiten Bundesliga-Saison reichte es zwar noch nicht zum großen Erfolg, die Mannschaft belegte am Ende nur den sechsten Platz. Doch am 31. Mai 1967 holten sie den Europapokal der Pokalsieger nach München.
Auch den DFB-Pokal konnte die Mannschaft in dieser Saison im Finale gegen den Hamburger SV erneut gewinnen.
